1 手術顯微鏡是生產工藝復雜的光學儀器，其精密度較高，價格昂貴，易損壞且不易恢復，使用不慎極易造成巨大損失。所以在使用前應先掌握顯微鏡的構造和使用方法，不可將顯微鏡上的螺絲旋鈕任意旋轉，或是造成更嚴重的破壞;不能隨意拆卸儀器，因為顯微鏡在裝配工藝上要求精密度較高;安裝過程中要經過嚴格復雜的調試，如隨意拆卸很難恢復。
2 注意保持顯微鏡的清潔，尤其是儀器上的玻璃部分，如鏡頭等。當液體、油污等污染鏡頭時，切記不可用手、抹布、紙來擦拭鏡頭。因為手、抹布、紙常常帶有很小的沙礫，會在鏡面上劃出痕跡。當鏡面有灰塵時，可用專業的清潔劑(*)，用脫脂棉擦拭。如污垢嚴重擦不干凈，不要強行擦拭，要請專業人員來處理。
3 照明系統內常常裝有極精細的裝置，肉眼不易直接觀察到，且不可用手指或其他物品伸入照明系統中，不小心破壞將無法恢復。
